Parafia powstałą na początku XV w. Pierwsze wzmianki źródłowe o jej istnieniu pochodzą z 1506r. W latach 1766-1768 z fundacji A. Zamojskiego wybodowano nowy, murowany kościół. Powiększono go następnie w latach 1888-1899, dobudowując prezbiterim, dwie boczne kaplice, ołtarze i zakrystię z obu stron prezbiteruim. 

Proboszczem był wówczas ks. Jan Szostakiewicz. Świątynię konserwował 19 września 1909r. bp Antoni Julian Nowowiejski. W czasie II wojny światowej świątynia została uszkodzona. W 1946r. wykonano w kościele polichromię według projektu Władysława Drapiewskiego. Ostatnie prace remontowe przeprowadzono w 1983r. Wymieniono blachę na dachu świątyni na miedzaną, pomalowano wnętrze kościoła, położono marmurową podłogę oraz zakupiono elektryczne organy.
  Spośród zabytków sztuki sakralnej na uwagę zasługują: krucyfiks w kruchcie i krzyż ołtarzowy z XVIII w. oraz kielichy z XVII i XVIII w.

Historia parafii Bieżuń
(fragment pracy magisterskiej ks. Pawła Antkiewicza; za zgodą autora)

   Parafia powstaje mocą dokumentu wydawanego przez biskupa odpowiedniej diecezji. Dokument erekcyjny ustala granice parafii i określa uposażenie dla proboszcza. Niestety, nie zachował się dokument erekcyjny czy jakikolwiek inny dokument mówiący o konkretnym jej początku.

   „Początki parafii giną w pomroce dziejów naszej Ojczyzny” – jak stanowi kronika. Kronika parafialna zaznacza, że „w wielu dokumentach wizytacyjnych parafii Bieżuń – zawsze jest podkreślane, że co do powstania parafii brak jest dokumentu erekcyjnego”.

   Po raz pierwszy parafia jest wzmiankowana w dokumencie z 1514 roku, mówiącym, że „pleban w Bieżuniu zajmuje rzeczy pozostawione przez plebana w Lutocinie”. Jest to pierwsza udokumentowana informacja o istnieniu parafii, ale można przypuszczać, że parafia istniała już wcześniej.

   Wyciągając pewne wnioski dotyczące znajomości kształtowania się struktury kościelnej, można domniemywać, że parafia mogła powstać około 1406 roku. Skoro istniała wtedy miejscowość, która otrzymała prawa miejskie, to z dużą dozą prawdopodobieństwa możemy stwierdzić, że istniał tutaj już drewniany kościół.

   Miasto lokował kasztelan Andrzej w 1406 roku. Prawdopodobnie on był również pierwszym fundatorem parafii pod wezwaniem św. Trójcy, którą erygował biskup Jakub z Korzkwi.

   Erygowanie parafii nastąpiło poprzez wyodrębnienie jej z terenów innych parafii, które ówcześnie miały pod swoją opieką interesujące nas tereny.

   Sieć parafialna na omawianym terenie była w XIV wieku reorganizowana. Istnienie okolicznych parafii wzmiankowane jest już odpowiednio wcześniej. Sąsiednie parafie powstawały odpowiednio: Szreńsk – miejscowość wzmiankowana w dokumencie z Mogilna z 1065 roku, z zaznaczeniem, że istniał tu już kościół, więc prawdopodobnie i parafia; Zawidz – miejscowość wymieniona pierwszy raz w 1350 roku, przypuszczalnie istniała już tutaj parafia; Rościszewo – kościół ufundowany prawdopodobnie w I połowie XIV wieku, a 2 maja 1383 roku została mu nadana dziesięcina; Lutocin – kościół ufundowany około 1370 roku; Radzanów – parafia powstała najpóźniej z chwilą lokacji miasta, czyli około 1380 roku, chociaż z dużym prawdopodobieństwem można przypuszczać, że erygowanie świątyni mogło nastąpić w latach trzydziestych XIII wieku; Gradzanowo – erygowanie parafii możliwe w XIV wieku.

   Terytorium bieżuńskiej parafii wykrojono z ziem należących do parafii sąsiednich: Szreńska, Zawidza, Rościszewa, Radzanowa i Lutocina.

   Parafia Bieżuń znajdowała się i znajduje do dziś, bez żadnych zmian, na terenie diecezji płockiej. W diecezji płockiej ukształtował się podział na trzy archidiakonaty: płocki, dobrzyński nad Wisłą oraz pułtuski, na czele których stał archidiakon. Od początku swego istnienia parafia Bieżuń należała do archidiakonatu płockiego.

   Mniejszymi jednostkami administracyjnymi były powstałe przed końcem XIV wieku dekanaty, na czele których stali dziekani wspierający w pracy archidiakona. Znane nam źródła mówią o siedmiu istniejących dekanatach w XV wieku na terenie diecezji. Były to dekanaty: lipnowski, czerwiński, zawkrzeński, płocki, pułtuski, łomżyński i wiski. Parafia Bieżuń należała do dekanatu płockiego.

   Parafia przynależała do archidiakonatu płockiego do czasu jego zlikwidowania przez zaborców. Sieć dekanalna ulegała wielu reorganizacjom. Bieżuń należał do dekanatów: płockiego, sierpeckiego, bieżuńskiego, szreńskiego i żuromińskiego.

   Należy wspomnieć, że na obecnym terenie parafii Bieżuń od połowy XV wieku w źródłach występuje wieś Karniszyn, położona za Wkrą, 2 km od Bieżunia. Wieś kupił w 1518 roku późniejszy kasztelan płocki JanWieczwiński. Właściciel uzyskał dla osady przywilej lokacyjny w 1519 roku, a w 1528 roku rozpoczął starania o założenie parafii w Karniszynie. Nie wiemy, kiedy powstał dokument erekcyjny. Parafię w Karniszynie konsekrował w 1530 roku biskup Andrzej Krzycki.

   Pierwszy, drewniany kościół w karniszyńskiej parafii pw. św. Stanisława ufundował prawdopodobnie J. Wieczwiński około 1528 roku. W połowie XVII wieku świątynia uległa zniszczeniu. Postawiono nową, lecz i ta zamieniła się w gruzy. Jak wykazują źródła, proboszczem parafii Karniszyn w 1722 roku więc i w czasie tych wydarzeń był ks. Michał Szomański.

   Około 1770 roku zrujnowany kościół rozebrano, a parafię włączono do Bieżunia. Dokument mówiący, że „Karniszyn parafia do kościołą Karniszyńskiego dekretem Konsystorskim Płockim dnia 18 Miesiąca Marca Roku 1767 z kościołem Bieżuńskim zjednoczonego” na stałe złączył Karniszyn z Bieżuniem. Już nigdy Karniszyn nie stał się samodzielną parafią.

   W czasie włączenia Karniszyna do parafii bieżuńskiej trwała tutaj budowa kolejnego już kościoła. Pierwszą świątynię wzniesiono wraz z erekcją parafii, w czasie nadania praw miejskich, w 1406 roku. Fundatorem był kasztelan Andrzej. Pierwotna świątynia była drewniana. Drugą świątynię zbudowano w 1551 roku. Wiadomo, że kościół był drewniany. Świątynia uległa zniszczeniu podczas pożaru w 1598 roku.

   W historii parafii na trwałe zapisał się moment utworzenia z niej siedziby dekanatu. Dekanat bieżuński powstał na mocy rozporządzenia biskupa Chryzostoma Załuskiego z 18 września 1693 roku, kiedy to w archidiakonacie płockim utworzono sześć nowych dekanatów.

   Do dekanatu, zgodnie z wykazem z 1742 roku, należały parafie: Zgliczyn (z 500 katolikami), Karniszyn (z 66 katolikami), Bieżuń (z 445 katolikami), Zawidz (z 230 katolikami), Rościszewo (z 500 katolikami), Lutocino (z 640 katolikami), Skrwilno (z 489 katolikami), Poniatowo (jako filia), Chamsk (z 500 katolikami), dodatkowo z kaplicą w Dębsku, oraz Lubowidz (z 600 katolikami) z kaplicami w Żerominie i Rozwozinie. Akta na zakończenie wyliczania parafii i ich wiernych podają jeszcze podsumowanie:

„Parochiae No – 9
Filialis Ecclesia cum sacellis – 4
Missio P. P. Sac. Jesu in Żeromin
Villae ad euram animarum – 101
Numerus Confitentium – 3, 970”.

   W 1835 roku do dekanatu należało 14 parafii. Dekanat swym zasięgiem obejmował dosyć odległe parafie. Do dekanatu, według pisma księdza Stanisława Przybyszewskiego z 11 stycznia 1835 roku, należały parafie: Bieżuń, Chamsk, Dąbrowa, Gradzanowo, Krajkowo, Kuczbork, Lubowidz, Lutocin, Radzanowo, Strzegowo, Szreńsk, Unieck, oraz Zielona.

   Dekanat bieżuński został zlikwidowany w 1869 roku przez rząd carski, jako jedna z represji po wybuchu powstania styczniowego w 1863 roku. Parafię Bieżuń włączono do dekanatu sierpeckiego. Od 1915 roku należy ona do dekanatu żuromińskiego.

   W czasie działań II wojny światowej, 2 grudnia 1940 roku przeprowadzono masowe wysiedlenia. Wypędzono ludzi z domów i zapędzono do kościoła, który był obstawiony żandarmami. „Do kościoła wpuszczano, ale z kościoła nawet za swoją potrzebą nie wypuszczali”.

   W czasie wojny, na plebanii, u księdza wikariusza Pawła Orłowskiego, odbywały się spotkania konspiracyjne.

   Kościół, przez pewien czas, w 1943 roku służył jako magazyn zboża i tymczasowy areszt. Ogólnie rzecz biorąc, czas II wojny światowej wniósł dużo zniszczenia w życie parafii. Nie tylko materialnego, lecz także przede wszystkim duchowo-moralnego.

   Po zakończeniu działań wojennych uszkodzoną świątynię oddano parafii.